戦国時代の永禄（1558〜1570）のころ、岡島城主であった因島村上水軍の村上吉満が、田尻字古神宮寺の地に寺を再建、菩提寺としたのが、神宮寺である。

八幡宮の別当寺としても栄えたが、村上氏が滅びると大旦那を失って、寺運も一時衰えたが、江戸時代の承応二年（1653）庄屋吉原六右衛門が土地を寄進、現在地に移った。

元文元年（1736）、火災にあったが、義立住職が、麦・綿などの寄進を受けて再興、現在に至っている。